Sa kabila ng pagkakaroon ng mga guardia sibil at pagdalaw ng mga cazadores o sundalong Kastila. Maraming tala na nakasaad na ang Cabuyao ay nakaranas din ng kaguluhan. Naganap ito sa mga panahong panunungkulan ni Kapitan Manuel Gatdula. Ika-17 ng Disyembre 1812 nang pasukin ng mga tulisan ang simbahan ng Cabuyao. 1858, itinuring na pinakamadugong pangyayari sa kasaysayan ng bayan nang pasukin ang loob ng tribunal ng mga tulisan at paslangin ang alcalde noon na si Jose Deasanta. Hunyo 3, 1863 nang yanigin ng malakad na lindol na halos lahat ng gusali sa Maynila ay gumuha na naramdaman din sa bayan ng Cabuyao. Taong 1866 nang muling sumalakay sa bayan ang pangkat ni Agucil Sebuo at pagnakawan ang mga tauhan ng principalia. Ilang bahay ang pinasok at sinunog maging ang Alcalde noon ay nabaril din ng mga tulusan. Natalo din naman ng mga taong bayan at napatay ang pinuno ng tulisan. 1885, ginimbal na naman ang taga-Cabuyao sa balitang ginilitan sa leeg ang kanilang Alcalde noon na si Agustin Algabre na kaaway nitong si Martin Almonte, nakulong ito samantalang himalang nabuhay pa rin si Algabrr at sa sumunod na taon ay nabigyan ng pagkakataon para manungkulan pa rin bilang kanilang alcalde.
